清凉禅寺位于江苏南京城西隅清凉山（又名石头山、石首山）上，是南禅宗法眼宗第一祖庭。
清凉禅寺始建于唐代僖宗中和四年（年）。五代十国杨吴顺义年间（—年），大丞相徐温重建取名“兴教寺”，礼请悟空休复禅师住持。南唐升元年初（年），元宗李璟扩建兴教寺为“清凉大道场”礼请文益禅师住持，从此石头山改称“清凉山”。北宋太平兴国五年（年）改称“清凉广惠禅寺”。明代洪武三十五年（年），周王朱橚重修山寺，成祖朱棣题额“清凉禅寺”至今。
清凉禅寺是中国佛教禅宗五家之一法眼宗的发源地。法眼宗创始人文益禅师（—年），俗姓鲁，余杭（浙江杭州）人，七岁到新定智通院依全伟禅师出家，20岁到越州（浙江绍兴）开元寺受具足戒；后至福州长庆院师事雪峰义存的弟子慧棱禅师，又至漳州西石山地藏院经桂琛禅师点化有所证悟。后来又游方至临州（江西抚州市），临州刺史请他住持崇寿院。从此，他名声大振，前来学禅决疑者多达千人。南唐国主李璟闻名，便请文益禅师至金陵赐号“净慧禅师”，住持金陵的报恩、法眼二院，传法盛况空前。
文益禅师晚年，南唐中主李璟曾在他病中亲往礼问。文益禅师跏趺而逝时，朝廷在江宁县丹阳乡建“无相”起塔，南唐公卿皆穿素服送葬于丹阳乡，南唐中主李璟謚文益禅师“大法眼禅师”之号，后人称此宗为“法眼宗”，清凉寺因此成为佛教界公认的法眼宗祖庭。
清凉禅寺法眼文益禅师法嗣传承，据《五灯会元》《传法正宗记》及后人统计达三百六十余人，其中著名的有天台德韶、清凉泰钦、百丈道恒、净德智筠、永明道潜、永明延寿、灵隐清耸，报恩慧明、报慈行言、报恩法安、归宗策真等。法眼宗为禅宗五家最后创立的宗派，它博取众家之长及应时之需，经文益、德韶、延寿三世滴滴相传，至宋初高丽王仰慕延寿学德，遣使致书叙弟子礼，并遣僧人三十六人来受道法，后回高丽，教化一方，于是法眼一宗盛行于海外。
清凉禅寺原有规模较大，后主李煜常留宿寺内。寺内“德庆堂”匾额相传为后主所题。寺后一口古井开掘于南唐保大三年（），故称“保大泉”，井水丰沛水质清冽至今，年泉上建一井亭，井亭北墙上镶一石碑，南面所刻“还阳泉”三字为当代著名书法家萧娴所书，北面为书法家庄希祖所书“还阳泉简介”。
法眼宗通过汲取楞严三昧、金刚般若、圆觉了义、维摩不二楞伽妙谛、华严法界等教乘菁英，铸成其“法眼”，形成了法眼宗独特的感悟。因此，法眼文益禅师所创其禅学思想在中国佛教史上具有崇高的地位和价值，影响远及日本、韩国及东南亚，历史意义十分深远。近十多年来，常有韩国佛教界人士来清凉山寻访、拜谒祖庭。年6月20日，原清凉寺一座佛殿及五间禅房被作为宗教活动场恢复开放，后清凉山还重建一座标志性的法眼宗弘法建筑，体现“山、水、城、林、寺”一体融合的南禅宗佛教文化特色。
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